嬰幼兒階段的營養補給，母奶或牛奶佔最主要的角色，它們除了可提供均衡的醣類、蛋白質、脂肪，以補充嬰幼兒成長發育需要的能量，另外可藉由母奶與牛奶中豐富的礦物質、維生素也對嬰幼兒提供防衛能力，可減少因礦物質或維生素不足所引起之疾病，雖說母奶與牛奶有上述之功效，但嬰幼兒易罹患腸胃炎或吸收不良之問題，可見嬰幼兒的腸胃道捍衛病毒或細菌能力不如成人。一次的急性腸胃炎發作除了造成嬰幼兒的身體不適，脫水之外也會造成嬰幼兒短暫的營養流失，引起抵抗力減弱，更提高罹患其他疾病的機會。
胎兒的腸胃道原本為無菌狀況，但在出生後很快會藉由媽媽的產道或是接觸周圍的環境而迅速發展出多重菌叢。從一國外醫學中心研究指出餵食母乳的寶寶其糞便菌叢中以乳酸桿菌(Lactobacilli)及比菲德氏菌(Bifidobacteria)為主，而且其中比菲德氏菌隻數目跟其他腸菌屬(Enterobacteriaceae)之比例為1000：1，反之一般嬰兒奶粉則會使腸內益菌數量減少，因此為了在嬰兒階段讓寶寶擁有足夠的比菲德氏天然益菌，適時使用含腸道益菌配方牛奶或平日添加腸道益菌可提供嬰幼兒腸道保健之功效。
適時添加一些天然益菌物，如：乳酸桿菌(Lactobacilli)或比菲德氏菌(Bifidus)被認為可加強腸胃道的捍衛能力。其實在正常人體內均有這些天然益菌但經腸胃道感染後，腸胃道的天然益菌就被大量抑制，進而會加重腸道破壞，而且影響到腸胃道的吸收功能。
從最近與過去幾年的文獻研究結果顯示，證實天然益菌對人體的腸胃道感染有治療的效果。在文獻中也提到藉由添加天然益菌可幫助醣類消化，促進維生素與礦物質的吸收與合成。更有文獻指出寶寶在離乳階段，體內的比菲德氏菌會快速減少，而且從臨床研究得知，若以一般配方餵食，嬰幼兒在六個月後發生腹瀉的情形明顯增加，相反的使用母奶或有添加天然益菌的牛奶腹瀉的情況較少。
腸內益菌也被用來研究有關於維生素、葉酸、菸鹼酸及免疫系統之研究，更有些先進的研究關於抗癌的效益。結果顯示腸內可促進維生素B1、B2、B6、K及葉酸、菸鹼酸的產生，另可強化免疫系統的產生，確實可達到保健營養的功效。
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